JIJIさん、毎日お母様に面会に行かれているなんて、頭が下がります。確かに、せっかくだから、お母様には気分よく毎日を過ごして欲しいと思いますよね。さて、ご質問の件ですが、部屋の消臭は、お好みの市販の消臭剤で構わないと思います。
また、臭いに関するご家庭での対策ですが、たとえば、ポータブルトイレをご利用になるようでしたら、脱臭機能のある物を選ぶ、ポータブルトイレ専用の消臭剤を使うなどの方法があります。
消臭に関しては、市販の物を利用されている方が多いので、色々ためしてお好みにあうものを探してみてください。お母様と、「こっちのほうが好きな香りだね」なんてコミュニケーションをとるきっかけにもなるかもしれませんよ。