moonさん、まずはお父様の退院おめでとうございます。これから、本格的な介護がはじまり、ご苦労も多いかとは思いますが、何かありましたら、いつでもこちらの掲示板をご活用ください。さて、ご質問の件ですが、もし往診してくださる先生が在宅寝たきり患者処置指導管理料をレセプト上で算定されていれば自費扱いでの請求は出来ないと思います。
在宅往診には様々な算定方法があり、先生がどのように診療報酬を請求しているかということになります。まずは、往診の際の領収書をもって、市役所の保険課に相談に行ってみてください。保険請求内容もわかりますし、自費扱いが適当かどうか判断してくれるはずです。